פסוק א:וימן ה' דג גדול וכו' עד סוף הנבואה. סיפר הכתוב שזימן הקדוש ברוך הוא באותו מקום שהטילו את יונה לים דג גדול שבלעו כולו מבלי פירוק חבורו, ואין ספק שאין בכח האדם לחיות במעי הדג אפילו שעה אחת וכל שכן שלשה ימים ושלש לילות כי האדם לא יתקיים כי אם בהיותו שואף רוח קר מבחוץ תמיד, אבל אין זה ממה שיבטל אמונת הנס הזה ועינינו הרואות שהעובר יושב במעי אמו תשעה חדשים מבלי מאכל ומשתה ועשיית צרכיו ושאיפת הרוח קר מבחוץ, ומי המונע שכן יעשה ה' ליונה אותן הימים הלא העיד הכתוב שחנניה מישאל ועזריה עמדו בגו אתון נורא יקידתא, ואין ספק שכפי הטבע לא חיו כי האויר החם השורף יכלה הלחות השרשי שהחיים תלויים בו ויתיך הרוח כהרף עין אבל היכולת האלקי הוא למעלה מן הטבע, (ב) ויותר חזק מזה הוא שיונה בהיותו במקום ההוא היה בדעתו ותכונתו עד שהיה מתפלל משם לאלקיו, (ג) והנה בתפלתו מצאנו ראינו שרוב דבריו באות בלשון עבר קראתי מצרה לי שועתי שמעת קולי ושאר הפסוקים כולם ולכן חשבו אנשים שלא התפלל תפלה זו כי אם אחרי שיצא אל היבשה, וה"ר אברהם בן עזרא השיב עליהם שכל דברי הנבואות באים בדרך הזה אשר לקחתי מיד האמורי בחרבי ובקשתי (בראשית מח, כב), ויט שכמו לסבול (שם מט, טו), דרך כוכב מיעקב (במדבר כד, יז), וישמן ישורון ויבעט (דברים לב, טו), וירא ה' וינאץ (שם יט), וישכון ישראל בטח בדד (שם לג, כח), והראיה על היות תפלת יונה לעתיד אומרו בה אך אוסיף להביט אל היכל קדשך ואני בקול תודה אזבחה לך אשר נדרתי אשלמה, אלא שבאו הדברים בלשון עבר במקום עתיד לפי שהיו במראות הנבואה, ובראותם הדברים הגזורים מהש"י היו מספרים אותם כאלו עברו במציאות לפי שכבר נגזרו בחכמתו העליונה.
פסוק א:ולי נראה שאין צורך לדברי ה"ר אברהם אבן עזרא הטובים והישרים בענינם כי אין בתפלה הזאת עבר במקום עתיד, אבל ענינם רבת צררוני מנעורי הלא בהיותי ילד קטן קפצה עלי מיתה והייתי מוכן להוליכני לקבר ואז בימי אליהו קראתי מצרה לי אל ה' ויענני ומבטן שאול שהייתי מוכן לקבר שועתי שמעת קולי רמז לו בזה הנס שנעשה לו בימי אליהו שהחייהו אחרי מותו, ועליו אמר כאן קראתי שועתי הכל בלשון עבר לא שקרא ושוע בפעל אבל הוא משל לנס ההוא (ד) ואמר שעתה עשה עמו נס יותר גדול ממנו וזהו ותשליכני מצולה בלבב ימים רומז אל היותו במעי הדגה בתוך הים ונהר היה סובב אותו כי היו מתחברים שם מי הים ומי הנהר וכמו שכתב ה"ר אברהם אבן עזרא במקום שיתחברו מי הנהר עם מי הים תהיה תמיד סערה, ובכלל אמר כל משבריך וגליך עלי עברו כי ירד לתחתית הים והמשברים והגלים היו עוברים עליו.
פסוק ה:ואומרו עוד ואני אמרתי נגרשתי מנגד עיניך ענינו הנה כאשר ירדתי ביפו לברוח תרשישה הידעתי להיות מגורש מפניך ר"ל שלא תחול בי עוד הנבואה, אבל כל מחשבותי היו הבל כי באמת אוסיף להביט אל היכל קדשך כי בהכרח תשוב הנבואה בי.
פסוק ו:ואמר אפפוני מים עד נפש תהום יסובבני סוף חבוש להגיד שירד הדג אשר בלעו לתחתית הים ובמרוצה מפה אל פה, ואמר סוף חבוש לראשי כמו שיקרה לדברים הנולדים בים שגומא קנה וסוף גדלים ביניהם ובלכת הדגים בתוך המים נכרך פעמים בראשי הדגים גומא וסוף והוא אומרו סוף חבוש לראשי ירמוז לראש הדג אשר בלעו שירד לתהום ונכרך הסוף והגומא לראשו, וי"ת סוף על ים סוף אולי שהיה מתערב עם ים יפו שמה.
פסוק ז:וכלל הענין כאומר הנה עם כל זה שלקצוי הרים ירדתי ידעתי באמת שהארץ בריחיה בעדי לעולם ר"ל שלא אוכל לברוח מפניך כי יש לארץ בריחים עלי ר"ל סוגרת ומסוגרת שלא אוכל לצאת ממנה ולכן היום הזה זכרתי שהעלית משחת חיי ה' אלקי ר"ל אל הנס שנעשה לי בילדותי בהחיות אותי אליהו, (ח) ולכן עתה בהתעטף עלי נפשי במעי הדגה את ה' זכרתי ואליו קראתי וידעתי בלי ספק תבא אליך תפלתי אל היכל קדשך שהוא השמים.
פסוק ט:ואז עשה יונה תשובה מחטאו באומרו משמרים הבלי שוא חסדם יעזובו ולא אמר זה על המלחים ואנשי האניה שנדרו נדרים מתוך הסערה והמה כשיצאו מהאניה חסדם ונדריהם יעזובו כמו שפירשו המפרשים, ולא ג"כ מה שפירשו חז"ל חסדם מגזרת חסד שהמלחים יעזבו אליליהם מפני שראו הנסים שנעשו עמו, כי הנה כל הפירושים האלה רחוקים הם מכוונת הכתובים, אבל אמתת הענין הוא שיונה נתחרט ממה שברח מלפני ה' וגמר בלבו לעשות מצותו בענין נינוה אבל היה מתנחם באומרו שאנשי ננוה שהם משמרים הבלי שוא אף על פי שיעשו תשובה מפני קריאתו לא יתמידו בתשובתם כי לימים מועטים חסדם יעזובו וישובו לרשעתם, (י) ולכן אני בקול תודה אזבחה לך רוצה לומר שאלך אל נינוה ובקול תודה אעשה את הקריאה במצותך כי זה יהיה לך כזבח ומנחה כי הנה שמוע מזבח טוב, ואל תחשוב שאחרי צאתי מכאן אברח פעם שנית כמו שירדתי לברוח תרשישה באמת לא יהיה כן כי אשר נדרתי אשלמה והנדר הוא מה שאמר שבקול תודה ילך להקים מצות הש"י בנינוה, ואמנם יראתי ופחדי מחרבן השבטים על ידי אשור לא אחוש עליו ולא עליו אחריד לפי שישועתה לה' והוא יושיעם ברחמיו וכרוב חסדיו.
פסוק יא:וזכר הכתוב שכאשר ראה השם יתברך תשובת יונה והיותו מתחרט בחטאו ושעזב את החטא ונדר שלא ישוב עוד לכסלת הבריחה אמר לדג רוצה לומר שהעיר את רוחו שילך לשפת הים ויקא את יונה אל היבשה, ובפרקי רבי אליעזר אמרו שהלך הדג תשע מאות וששים וחמשה פרסאות עד היבשה להקיא את יונה יען וביען אין דבר עומד בפני התשובה, והותרה בזה השאלה הששית: